Mūsų bendruomenės pradėjo gyvuoti 1992 m. rudenį. Pirmieji devyni įtikėjusieji lapkričio 29 d. buvo pakrikštyti ir susibūrė Biblijos studijoms, bendravimui, Dievo garbinimui ir maldai. Jauna bendruomenė, tikėdama Dievo galia ir pašaukimu eiti į visą pasaulį kviesti žmones pažinti Jėzų, skelbė Gerąją išganymo žinią. Tokiu būdu Viešpats augino bažnyčią Dvasia ir skaičiumi. Bnedruomenė tuo metu buvo Kauno krikščionių baptistų bendruomenės „Geroji naujiena“ dalimi.
1994 m. liepos 10 d. bendruomenė, kurioje tuo metu buvo daugiau nei 27 tikintieji, nusprendė tapti savarankiška ir pasivadino Vilniaus Naujojo Testamento baptistų bendruomene. Pastoriumi įšventintas Irmantas Pinkoraitis, diakonu – Gediminas Kalytis.
1998 m. bendruomenė tapo Lietuvos evangelikų baptistų bendruomenių sąjungos (LEBBS) nare. 2001 m. liepos 12 d. Lietuvos Respublikos Seimas LEBBS suteikė valstybės pripažinimą.
2000 m. vasarą bendruomenė įsigijo pastatą Vilniuje, Algirdo gatvėje. Po pusmečio remonto darbų 2001 m. sausio 13 d. maldos namai buvo pašvęsti Viešpačiui.
2001 m. bendruomenė įkūrė krikščionišką mokyklą, kuri šiuo metu veikia kaip Klaipėdos „Vaivorykštės tako“ gimnazijos Vilniaus filialas.
2012 m. bendruomenė įkūrė vaikų dienos centrą.
Nuo 2012 m. bendruomenėje veikia VšĮ „Dialogų portikas“ (erdvė susitikimui, atviram pokalbiui ir dialogui).
Šiandien mes esame valstybės pripažinta krikščionių baptistų bendruomenė. Bendruomenė yra sekanti anabaptistų tradicija, atvira santykiams su visomis viešosiomis, labdaros organizacijomis, dalyvaujanti įvairiose gailestingumo akcijose ir veikloje.