Наша община образовалась осенью 1992 г. 29 ноября первые 9 уверовавших приняли водное крещение и начали собираться для изучения Писания и общения, прославления Господа и молитвы. Молодая община, веря в силу Божию и призвание идти в мир и благовествовать спасительное Евангелие, стала приглашать людей познать Иисуса. Таким образом, Господь взращивал церковь духовно и численностью. В то время община являлась частью Каунасской общины христиан баптистов «Благая весть».
10 июля 1994 г. община, в которой тогда насчитывалось около 30 верующих, стала самостоятельной под названием «Вильнюсская баптистская община Нового Завета». Пастором был рукоположен Ирмантас Пинкорайтис, дьяконом – Гедиминас Калитис.
В 1998 г. община стала членом Союза церквей евангельских баптистов Литвы (LEBBS). 12 июля 2001 г. Сейм Литвы предоставил Союзу статус признанного государством.
Летом 2000 г. община приобрела здание в Вильнюсе по ул. Альгирдо. Через полгода, после ремонта, 13 января 2001 г. Молитвенный Дом был освящен для Господа.
В 2001 г. община основала христианскую школу, которая в настоящее время действует как Вильнюсский филиал Клайпедской гимназии «Тропинка радуги».
В 2012 г. общиной был учрежден детский дневной центр.
С 2012 г. в общине действует общественное учреждение «Портик диалога» — это пространство для встреч, открытых дискуссий и диалога.
Сегодня мы — признанная государством община христиан баптистов. Община следует традициям анабаптистов, открыта для взаимоотношений со всеми общественными, благотворительными организациями, учавствует в различной деятельности и акциях милосердия.